Luật này có hiệu lực thi hành từ ngày 1/7/2025, trừ trường hợp quy định về mức doanh thu của hộ, cá nhân kinh doanh thuộc đối tượng không chịu thuế tại khoản 25 Điều 5 Luật này và khoản 3 Điều này có hiệu lực thi hành từ ngày 1/1/2026.
Trước đó, trình bày Báo cáo giải trình, tiếp thu, chỉnh lý dự thảo luật, Chủ nhiệm Ủy ban Tài chính - Ngân sách Lê Quang Mạnh thông tin thêm về vấn đề thuế suất vốn có nhiều đại biểu quan tâm và có ý kiến khác nhau.
Theo ông, có nhiều ý kiến thống nhất với đề xuất áp thuế 5% đối với phân bón. Một số ý kiến đề nghị giữ như quy định hiện hành; có ý kiến đề nghị áp dụng thuế suất 0% hoặc 1%, 2%.
Có ý kiến đề nghị đánh giá toàn diện tác động của quy định này đối với nông dân và sản xuất nông nghiệp, thủy sản. Có ý kiến lo ngại về khả năng doanh nghiệp trục lợi chính sách, nâng giá bán làm ảnh hưởng đến nông dân.
Quốc hội chính thức thông qua Luật Thuế giá trị gia tăng (sửa đổi) chiều 26/11 (Ảnh: Media Quốc hội).
Giải đáp về ý kiến đề xuất đưa phân bón vào diện áp dụng thuế suất VAT 0% (hoặc 1%, 2%), Uỷ ban Thường vụ Quốc hội (UBTVQH) cho rằng, nếu quy định phân bón áp dụng thuế suất 0% thì sẽ bảo đảm lợi ích cho cả doanh nghiệp sản xuất phân bón trong nước và doanh nghiệp nhập khẩu vì đều sẽ được hoàn thuế VAT đầu vào đã nộp và không phải nộp thuế VAT đầu ra.
Tuy nhiên, trong trường hợp này, hàng năm Nhà nước sẽ phải bỏ ra ngân sách để hoàn thuế cho các doanh nghiệp.
Ngoài yếu tố bất cập đối với ngân sách Nhà nước (NSNN), việc áp dụng thuế suất 0% đối với phân bón là trái với với nguyên tắc, thông lệ của thuế VAT là thuế suất 0% chỉ áp dụng đối với hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, không áp dụng với tiêu dùng trong nước.
Việc áp dụng theo hướng này sẽ phá vỡ tính trung lập của chính sách thuế, tạo tiền lệ xấu và không công bằng với các ngành sản xuất khác.
Theo giải trình của cơ quan soạn thảo, việc quy định thêm mức thuế suất 2% sẽ phải kết cấu lại Luật Thuế giá trị gia tăng như thiết kế khoản riêng về mức thuế suất, bổ sung quy định hoàn thuế giá trị gia tăng đối với trường hợp này.
Việc quy định thuế suất 1% hoặc 2% đối với phân bón cũng không phù hợp với mục tiêu cải cách thuế VAT là giảm bớt số lượng các mức thuế suất, không gia tăng số lượng các mức thuế suất so với quy định hiện hành như đã được giải trình với các ĐBQH.
Trên cơ sở ý kiến của ĐBQH, tại Báo cáo số 1035 ngày 28/10/2024, UBTVQH đã giải trình, báo cáo về tác động đối với việc chuyển mặt hàng phân bón từ diện không chịu thuế sang diện chịu thuế suất 5%.
Chính phủ cũng đã có công văn số 692 bổ sung giải trình và cung cấp số liệu minh chứng cụ thể.
Để thể hiện đúng quan điểm của Quốc hội trong việc xử lý vấn đề trên, ngày 26/11, Tổng Thư ký Quốc hội đã gửi xin ý kiến ĐBQH về 2 phương án, một là áp thuế suất 5%, hai là giữ nguyên như quy định hiện hành.
Qua tổng hợp ý kiến cho thấy, 72,67% tổng số đại biểu Quốc hội cho ý kiến tán thành với đề nghị của Ủy ban Thường vụ Quốc hội và Chính phủ theo hướng quy định thuế suất 5% đối với mặt hàng phân bón, máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ sản xuất nông nghiệp, tàu khai thác thủy sản. Do đó, nội dung này đã được thể hiện tại khoản 2 Điều 9 của dự thảo Luật.